Limasset Antoine


Ma recherche est principalement axée sur l'utilisation de structures de données adaptées et efficaces (graphe de De Bruijn compacté, fonction de hachage minimale parfaite) ayant des applications directes en bioinformatique (assemblage de génome, correction, compression de données).


Informations

Github repository

https://github.com/Malfoy

Orcid ID

https://orcid.org/0000-0002-0669-4141

Mail

Antoine dot Limasset at gmail

Activités de recherche

2017-
Activité actuelle

Contrat post-doctoral à l'Université Libre de Bruxelles au sein de l'unité EBE (Evolutionary Biology & Ecology) et du groupe EEG (Ecological & evolutionary genomics) dirigé par Jean-Francois Flot. Contrat démarré le 1er septembre 2017 sur les problématiques liées à l'assemblage de génomes fortement hétérozygotes.

2014-2017
Thèse en informatique de l'Université de Rennes

"Nouvelles approches pour l'exploitation des données de séquencage haut débit". Sous la direction de Pierre Peterlongo et Dominique Lavenier

2014
Stage Master 2

Stage de six mois dans l'équipe GENSCALE (IRISA Rennes) sur l'alignement de séquences sur graphe de De Bruijn avec Pierre Peterlongo

2013
Stage de Master 1

Stage de trois mois au sein du departement d'informatique de l'université de Pennsylvanie (US), sur la compaction des graphe de De Bruijn avec Paul Medvedev

2012
Stage de License 3

Stage de six semaines dans l'équipe MAB (LIRMM Montpellier) sur l'amélioration des Gk-arrays avec Eric Rivals

Parcours universitaire

2014
Master de recherche en informatique École Normale Supérieure de Rennes
2012
Licence en informatique École Normale Supérieure de Cachan
2008
Baccalauréat S - Lycée Immaculée Conception Saint Dizier

Activités d'enseignement

2017
Assistant professeur "Genomics, proteomics, evolution". 60 heures de cours niveau master
2014-2016
Missions d'enseignement Deux missions d'enseignement de 64 heures. Aprentissage de la programation fonctionnelle niveau License. Utilisation des suites bureautiques niveau License.

Publications

Articles dans des revues internationales à comité de rédaction

2017
SEA Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets, A Limasset, G Rizk, R Chikhi, P Peterlongo, Publication jointe au dossier.
2016
ISMB Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory, R Chikhi, A Limasset, P Medvedev.
2016
PSC A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta) genomics, C Marchet, A Limasset, L Bittner, P Peterlongo.
2014
RECOMB On the representation of De Bruijn graph, R Chikhi, A Limasset, S Jackman, JT Simpson, P Medvedev.

Communications dans des conférences internationales à comité de sélection

2017
Arxiv Toward perfect reads, A Limasset, JF Flot, P Peterlongo, Soumission à RECOMB 2018. https://arxiv.org/pdf/1711.03336.pdf
2016
BMC Bioinformatics Read mapping on de Bruijn graphs, A Limasset, B Cazaux, E Rivals, P Peterlongo.
2016
Bioinformatics Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory, R Chikhi, A Limasset, P Medvedev, Issu de l’article éponyme présenté à ISMB.
2014
Journal of computational biology On the representation of De Bruijn graph, R Chikhi, A Limasset, S Jackman, JT Simpson, P Medvedev, Issu de l’article éponyme présenté à RECOMB. Publications en cours

Visibilité

Communications invitées

2017
SeqBio Toward perfect reads.
2017
JOBIM Heterozygous data assembly.
2017
SEA Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets.
2017
Alpaga group meeting Assembly of heterozygous data with BWISE.
2016
Prague stringology conference A ressource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics.
2016
Worskshop on Data Structures in Bioinformatics Of minimal perfect hashing construction.
2015
SeqBio Read mapping on de Bruijn graph, How graphs are references.

Posters

2016
JOBIM Minimal perfect hash functions in large scale bioinformatics Problem A Limasset, C Marchet, P Peterlongo, L Bittner
2015
JOBIM BGREAT: A De Bruijn graph read mapping tool A Limasset, P Peterlongo

Vulgarisation

2016
Ma thèse en 180 secondes, Finale regionnale.
2015
Animations sur les problématiques d’assemblage génomique, Journées portes ouvertes des 40 ans de l'IRISA
2015
Festival Sciences en Courts, Réalisation d’un court métrage primé au cours d’un festival de vulgarisation scientifique.

Logiciels

Tous ces outils sont distribués sous license open source.

2017
BCOOL De Bruijn graph read corrector, github.com/Malfoy/BCOOL.
2016
BGREAT De Bruijn graph read mapping tool, github.com/Malfoy/BGREAT.
2016
BBhash Minimal perfect hash function construction, github.com/rizkg/BBHash.
2016
Rconnector Short reads connector, github.com/GATB/short_read_connector.
2014-2016
BCALM/BCALM2 De Bruijn graph compaction in low memory, github.com/Malfoy/bcalm, github.com/GATB/bcalm.

Encadrement

2016
Stage de Master 2 Encadrement du stage de Romain Féron sur le sujet "Comprection: compression et correction de donnée de séquencage" pendant 6 mois qui travaille à présent comme ingénieur de recherche à l’INRA au LPGP.